Лента TH Новости Биоинженерия


Исследователи раскритиковали современные методы анализа ДНК

∴ 178

Метагенетика позволяет нам исследовать микробную экологию в гораздо большем масштабе, чем когда-либо прежде, и проливает свет на ранее невидимое разнообразие микроскопической жизни. Новое исследование показывает, что передовой метод измерения микробного биоразнообразия не так точен, как считалось ранее.

672

Современные метагеномные исследования ДНК окружающей среды почти полностью зависят от секвенирования следующего поколения (NGS), что дает оценку критических факторов. Исследователи сравнили две технологии NGS – на образцах воды, взятых из четырех речных систем Бразилии (Амазонка, Арагуайя, Парана и Пантанал). Технологии известны как Ампликон 16S и секвенирование «Шотган».

Эта работа удваивает размер выборки в аналогичных исследованиях и объединяет данные об окружающей среде (например, рН, температуру, питательные вещества) с каждого типа анализа, раскрывая расходящиеся корреляции в зависимости от того, какие данные используются.

Результаты указывают на основные различия, которые не были освещены ни в каких исследованиях на сегодняшний день. Учитывая низкое количество таксонов, идентифицированных при одновременном использовании обоих методов, предыдущие исследования, в которых количественное определение биоразнообразия использовались с использованием таких же биоинформационных инструментов, следует рассматривать осторожно или повторно анализировать.

Результаты этого исследования будут иметь последствия для предыдущих анализов микробного биоразнообразия, и создают запрос на создание более эффективного метода секвенирования.

Филипп Дончев